Giải đấu được Liên đoàn bóng đá Việt Nam tổ chức lần đầu tiên vào năm 1992, dành cho tất cả các đội bóng trong hệ thống thi đấu của bóng đá Việt Nam. Cảng Sài Gòn là chủ nhân của chiếc Cúp Quốc gia đầu tiên sau khi thắng Thể Công trong loạt sút luân lưu ở sân Thống Nhất. Cũng tại đây, Cảng Sài Gòn còn giành chiếc cúp này một lần nữa vào năm 2000. Năm 2004, Cúp Quốc gia được giới hạn lại cho các câu lạc bộ chuyên nghiệp và hạng Nhất.[2]

Có tổng cộng 16 nhà vô địch trong lịch sử của giải đấu. Trong đó, Đồng Tâm Long An, Hà Nội ACB, Nam Định, Sài Gòn Xuân Thành, Hòa Phát Hà Nội, Navibank Sài Gòn, Xi măng The Vissal Ninh Bình, Đông Á Thanh Hoá đều có 1 lần lên ngôi; Cảng Sài Gòn, SHB Đà Nẵng, Bình Định, Công an Thành phố Hồ Chí Minh, Hải Phòng và Hải Quan, mỗi đội đều đã 2 lần đăng quang. Ba đội có thành tích tốt nhất là Sông Lam Nghệ An, Hà Nội và Becamex Bình Dương, với 3 chức vô địch mỗi đội.